Где-то нарисовался подсос. Возможно по прокладке впускного коллектора в районе 3-го цилиндра сосет воздух. Попробуй пропшикай WD-40 или карб-клинером 3 цилиндр.
у меня также поменял двигатель с 1.6 sh на 1.6 nz до этого старый двигатель троил и компресий небыло!после замены на холостых троит и работает толко 3 цилиндра а на оборотах все норм! мастер сказал что это из за того что колектор с моника а должен карбюраторный!!!! незнаю может поможет!я еше не менял коллектор!!!